Η Διεύθυνση του 424 Γενικού Στρατιωτικού Νοσοκομείου Εκπαιδεύσεως επιβλέπει και συντονίζει την λειτουργία όλων των κλινικών και τμημάτων του Νοσοκομείου.
Ο Διευθυντής του 424 ΓΣΝΕ φέρει το βαθμό του Ταξιάρχου (ΥΙ) και συνεπικουρείται στο έργο του από τον Υποδιοικητή, τον Υποδιευθυντή και την Διευθύνουσα Νοσηλευτικής Υπηρεσίας.